Refere-se a um alelo que é compatível com uma característica localizada no mesmo locus. Em resumo, o código usado é diferente, mas está localizado no mesmo ponto. Isso faz com que diferentes características sejam alélicas. Essas características podem se combinar para formar novas morphs, e sua descoberta pode exigir bastante tentativa e erro.

Exemplo: Em Crested Geckos as Morphs Cappuccino e Sable, cuja combinação é chamada Luwak.